猫毛囊炎和猫癣可以从两者的病原菌和症状中区分出来。 猫癣的病原菌主要是犬小孢子菌和须毛癣菌，患有猫癣的猫皮肤会出现结痂、脱发、瘙痒等症状。 猫毛囊炎的主要病原菌是葡萄球菌，毛囊炎多继发于尘螨感染。 患有毛囊炎的猫油脂分泌旺盛，黑色污垢附着在皮肤表面。

猫的毛囊炎和猫的癣最大的区别可以用伍德光来判断。 用木光在黑暗的环境中照射猫癣时，会出现荧光绿的现象，但用木光照射毛囊炎时，则没有任何颜色。 也可以从临床症状中区分出来。 毛囊炎大多出现黑色颗粒沉积物。 另外，毛囊炎的部位油脂分泌也很多，猫藓的部位会非常明显地脱发，形成痂。